Generał Groves starał się jak najszybciej zatuszować aferę, jaka wynikła w związku ze skrzyniami firmy Shattuck. Na początku kwietnia nałożył obowiązujące w całym kraju embargo polegające na zawieraniu dobrowolnych kontraktów z brokerami produktów chemicznych, którzy obiecali Stanom Zjednoczonym pierwszeństwo w zakupie tlenku uranu, azotanu uranu i uranianu sodowego, jakie otrzymywali od swoich kontrahentów.

O całej tej sprawie z uranem Rosenberg dowiedział się, kiedy chciał zrealizować następne zamówienie Komisji ds. Zakupów Rządu Związku Radzieckiego. Zamówienie opiewało na 500 funtów (226,8 kg) azotanu uranu i taką samą ilość tlenku uranu. 23 kwietnia 1943 roku Rosenberg skontaktował się z firmą Canadian Radium & Uranium Corp. z Nowego Jorku, która była wyłącznym dystrybutorem firmy Eldorado Mining & Refining, Ltd, producenta uranu z Great Bear Lake.

Po czterech dniach negocjacji Rosenberg mógł zawiadomić Rosjan, że sprawa zakończyła się dla nich pomyślnie. Ładunek z Ontario do Great Falls i dalej do Moskwy został wysłany.

Machlojka związana z Port Hope polegała między innymi na tym, że pozwalała ominąć kontrolę Rady ds. Produkcji Wojennej, która z pewnością ostrzegłaby Projekt Manhattan, gdyby znała fakty. Jednak jurysdykcja Rady rozciągała się jedynie na południe od granicy z Kanadą.

Generał Groves został bezzwłocznie powiadomiony o złożeniu przez Rosjan zamówienia na 1000 funtów (453,6 kg) soli uranowej. Nie martwił się tym zbytnio, sądząc, że embargo na eksport będzie skuteczne. Po odmowie akceptacji tego zamówienia, po pewnym czasie zmienił zdanie i zaaprobował je, mając nadzieję, że uda mu się w ten sposób ustalić, czy Rosjanie zdołają zdobyć uran, który Projekt Manhattan przeoczył. Przed wybuchem wojny przemysł Stanów Zjednoczonych zużywał rocznie ponad 200 ton chemicznych związków uranu.

— Nie przypuszczaliśmy, że te materiały opuszczą nasz kraj — wyznał generał Groves 7 grudnia 1949 roku. — Powinno się było temu zapobiec.⁵

Jeśli chodzi o Stany Zjednoczone, embargo było skuteczne. O tym, że omijano je za pośrednictwem Kanady, generał Groves dowiedział się dopiero 3 lata później.

Kolejne naruszenie embarga nastąpiło w roku 1944 wraz z trzecią dostawą związków uranu do Rosji. Był to głównie azotan uranu. W maju tego samego roku pułkownik Kotikow pokazał mi zawiadomienie z Komisji ds. Zakupów Rządu Związku Radzieckiego, abym zwrócił uwagę na ładunek zawierający 500 funtów (226,8 kg) związku uranu, który miał wkrótce nadejść. Niedługo potem pułkownik poleciał do Rosji. Na zakończenie swojej misji w Stanach Zjednoczonych zaproponował osobiście zawieźć ten cenny ładunek do Moskwy.

Transakcja była zaaranżowana przez Lend-Lease i nadano jej charakter zwykłej „umowy handlowej”. Zamiast firm Chematar i Canadian Radium & Uranium na kontrahenta wybrano Wydział Dostaw Departamentu Skarbu, mimo iż zgodnie z przepisami nie miał on prawa dostarczać produktów uranowych do Związku Radzieckiego.

Dostawców wyłoniono w drodze licytacji. Zwycięzcą została firma Eastman Kodak Company. Podczas realizacji kontraktu oczekiwane 500 funtów zmalało do 45 (20,4 kg). Eastman Kodak poinformował o tym zamówieniu Radę ds. Produkcji Wojennej.

Bez względu na motywy Kodak był zdecydowany nie wysyłać ładunku drogą powietrzną. Po inspekcji, jaką w Rochester przeprowadził Departament Skarbu, firma MacDaniel Trucking Company przewiozła go 24 lipca do Składu Wojskowego w Terre Haute w stanie Indiana. Ładunek przetransportowano wagonem towarowym numer 97‍352 należącym do firmy Erie Railroad i 11 sierpnia dostarczono do Północnego Portland w stanie Oregon. Za pomocą nie ustalonych jeszcze środków transportu azotan uranu przewieziono na pokład rosyjskiego statku Kaszirstroj, który 3 października odpłynął do Władywostoku. Pułkownik Kotikow, który planował triumfalny powrót do swojej ojczyzny z ćwierćtonowym ładunkiem „proszku do bomb” jako swoim trofeum, z rozgoryczeniem porzucił ten zamiar, dowiedziawszy się, że będzie go tylko 45 funtów.

Za kupno uranu dla Projektu Manhattan w roku 1944 odpowiadał dr Phillip L. Merritt. 24 stycznia 1950 roku zeznał on pod przysięgą przed Komitetem Do Badania Działalności Antyamerykańskiej, że był zdumiony, dowiedziawszy się dzień wcześniej, iż zamówiony w firmie Eastman Kodak materiał wysłano do Rosji jako zamówienie wojskowe.

Generał Groves podobnie jak dr Merritt nic o tym nie wiedział. Na procesie zapytano go jako świadka, czy jest możliwe, aby w roku 1944 wysłano uran do Związku Radzieckiego. Generał odpowiedział: „Jeśli my w tym nie pomagaliśmy, to nie było to możliwe, nie bez naszej wiedzy. Jeśli jednak tak się stało, musiało się to odbyć w tak wielkiej tajemnicy, żeby nie można było tego odkryć”.⁶ Generał Groves oznajmił także, że nie było takiej możliwości, aby Rosjanie mogli zdobyć w Stanach Zjednoczonych uran „bez poparcia ważnych osobistości z rządu”.⁷

Komisja ds. Zakupów Rządu Związku Radzieckiego posiadała informacje, które pozwoliły Rosjanom wyprodukować z soli uranowych 25 funtów metalicznego uranu przy zastosowaniu procesu, który wymagał użycia wysoko specjalistycznego sprzętu. Za radą i wsparciem ze strony Lend-Lease przedstawiciele Komisji przez okrągły rok pukali do wszelkich możliwych drzwi, od Wojskowego Zaopatrzenia Chemicznego zaczynając, a na biurze Sekretarza Stimsona kończąc. Uran w postaci metalicznej w rzeczywistości nie istniał w Stanach Zjednoczonych i dlatego nie było go na liście Projektu Manhattan obejmującej materiały objęte embargiem, ani też nie był określany materiałem „strategicznym”.

Listem do dyrektora Komisji, generała Leonida G. Rudenki, z 17 kwietnia 1944 roku Stimson zakończył sprawę serii grzecznościowych odmów, jakich udzielano Komisji. Jednak Moskwa była uparta. Pod wpływem jej nacisków Komisja i jej amerykańscy przyjaciele mieli silny bodziec do działania. Pomyślano, że można by uran wyprodukować na zamówienie jakiejś prywatnej firmy.

Podobnie jak w innych przypadkach, również do tej sprawy zabrano się w sposób okrężny. Najpierw Komisja zwróciła się z propozycją do Manufacturers Chemical Co. mieszczącej się pod numerem 527 przy Piątej Alei w Nowym Jorku. Z kolei firma ta przesłała zamówienie do firmy A.D. Mackay Inc. mieszczącej się przy ulicy Broadway 198, a ta do Cooper Metallurgical Laboratory z Cleveland. Zarówno Mackay, jak i koncern Cooper, nie podejrzewali, że ich klientem jest Związek Radziecki.

Mackay poinformował o swoim zamówieniu Radę ds. Spraw Produkcji Wojennej, a ta ludzi odpowiedzialnych za Projekt Manhattan. W rezultacie do Cleveland wysłano Lawrence’a C. Burmana, który był jednym z ekspertów zajmujących się rzadkimi metalami, aby nakłonić firmę Cooper do „obniżenia jakości” swojego produktu. Nie wyjaśnił im, dlaczego mają tak zrobić. Wyprodukowana czteroipółfuntowa (2 kg) bryła metalu zamiast 99 procent uranu zawierała go tylko 87,5 procent.

Następnie dostarczono Rosjanom niewielką próbkę tej bryły, aby pokazać im, co „można uzyskać w Stanach Zjednoczonych”. Ostatecznie wysłano im tylko jeden kilogram uranu. W odpowiedzi Komisja przestała domagać się czystego uranu. Aby nie wzbudzać niczyich podejrzeń, od 1944 roku w wykazach materiałów eksportowanych do Rosji pomijano ten metal.

Od samego początku Projekt Manhattan w przeciwieństwie do atmosfery, jaka panowała w Waszyngtonie, był określany przez generała Grovesa jako „jedyne miejsce, jakie znam, w którym panują antyrosyjskie nastroje”.⁸ Wszystkie ślady prób szpiegostwa w Nowym Jorku, Chicago i Berkley w Kalifornii prowadziły do ambasady Związku Radzieckiego. W październiku 1942 roku doprowadziły one generała Grovesa do przekonania, że prawdziwymi wrogami amerykańskiego bezpieczeństwa atomowego nie są wcale Niemcy lub Japończycy, lecz Rosjanie. „Podejrzewanie Rosjan nie było zbyt popularne w pewnych kręgach [w Waszyngtonie]” – twierdził generał. – „Podejrzenia skierowane przeciwko Rosjanom były popularne w Oak Ridge i w pewnym momencie zdałem sobie sprawę, że nie ufamy już im ani trochę. Od tamtego czasu całe nasze bezpieczeństwo było oparte na uniemożliwieniu Rosjanom dowiedzenia się czegokolwiek”.⁹

Liczne dowody wskazywały na to, że Rosjanie wiedzieli wszystko od A do Z. Dzięki procesom, jakie miały miejsce w Kanadzie, Anglii i Stanach Zjednoczonych, dowiedzieliśmy się o istnieniu siatki szpiegowskiej, która była tak efektywna, że jak wyznał jeden z uczonych, Rosja „powinna była stworzyć własną bombę atomową przed wrześniem 1949 roku”. Jej szefem był sowiecki wicekonsul w Nowym Jorku, Anatolij A. Jakowlew, który w roku 1946 uciekł do Rosji.